Layoutsフォルダをカスタマイズするお作法

Layoutフォルダをカスタマイズしちゃったら該当箇所のサポートが受けにくくなりそうなのでお勧めしないのですがKBがありました。
サポートしてもらえない可能性があっても、要望が多いのでしょうね。
せめて、これは守ってねという指針だと思います。

ハウツー解説: SharePoint Server 2007 では Windows SharePoint Services 3. 0 では、レイアウト フォルダー内のアプリケーション ページをカスタマイズするには

カスタマイズ方法として2通り記載されています。
機械翻訳？なのか変な感じです。
概略は下記の通り。

1. SharePoint HiveのLayoutsフォルダのバックアップを取ってカスタマイズしましょう
2. カスタマイズするサイトコレクション用に、SharePoint HiveのLayoutsフォルダをコピーして、サイトコレクションの「/_layouts」をコピーしたLayoutsフォルダでIISの「仮想ディレクトリ」に設定する。

文書を見る限り２がお勧めな感じです。
サイトコレクション単位に設定される＋SP適用に上書きされない（手動でファイルをコピーする必要はあると思うが、、）